Prvi franjevački samostani na području sjeverne Hrvatske grade se u 13. stoljeću, još za života svetoga Franje Asiškog koji je prema predaji posjetio Zagreb, a najstariji je upravo zagrebački na Kaptolu. Pretpostavljalo se da današnja crkva, koja je građena između 1255. i 1264. godine, leži na temeljima starije crkve iz 1228. godine, ali novim arheološkim istraživanjima nakon potresa, otkriveni su grobovi i temelji starije crkve iz 11. stoljeća. Smatra se jednom od najranijih propovjedničkih dvoranskih crkava s dugim korskim svetištem u Srednjoj Europi.